A concepção cristã forjada no Brasil, desde seu começo no século XVI, revela faces divergentes. A sociedade portuguesa, em especial os burgueses em busca de atividades mercantis produtivas, procura no ultramar resposta às suas ansiedades. Em aliança com a estrutura da Igreja Católica, tal sociedade, estava ávida dos conhecimentos e aquisições que poderiam ter no contato com os povos das novas terras conquistadas.
Houve momentos históricos no cristianismo passados com pesar. Um deles certamente foi o fato de estar atrelado aos estados nacionais desde às invasões de europeus ao continente americano. Naquele contexto o reino de Portugal mantinha seus interesses econômicos pautados no mercantilismo.
A igreja católica pretendia angariar novos cristãos, fundamentada na noção de única forma de vida possível. Por outro lado, a concepção política com severa reserva a povos diferentes. Os indígenas ficaram extasiados com a forma de vida dos europeus, embora não compreendessem sua situação de desvantagem em relação às pretensões portuguesas.
Não sabiam, no entanto, o que lhes restariam do resultado de tal contato: Escravidão, trabalhos forçados, viagens para além do mar. O intuito de tornar estes povos cristãos, fizeram com que se abrisse portas para um verdadeiro genocídio.
Mesmo assim os indígenas resistiram e ainda resistem, procurando cultivar seu modo de vida, seus costumes, idiomas e religiões. Estas resistências é certo que iniciaram ainda na época dos aldeamentos. Através de fugas e pequenas rebeliões, os índios afrontavam os colonizadores. Os missionários aos poucos foram despertando novas ideias sobre a vida deles e passaram a apoiar, tanto que jesuítas foram expulsos por volta de 1750, pelo sistema pombalino implantado na época. A intenção do estado era "amansar índios" para poder dominá-los, o que não havia concordância de parte dos missionários.
O cristianismo aqui revela nova face. O de não mais escravizar índios, mas aproximar-se deles para catequizá-los, embora que reconheçamos que tal fato modificou em muito seus costumes. Em grande parte dos séculos XVIII e XIX, ora apoiando os povos indígenas, ora apoiando parte do estado, não houve ações unificadas da igreja católica em relação a estes povos. Com o desenvolvimento das ciências e especialmente das ciências sociais, dá-se início a estudos antropológicos mais profundos e com significados importantes para a valorização dos costumes indígenas.
O século XX, com conhecimentos mais específicos sobre estas populações e seus modos de vida, empreendeu-se melhores condições para respeito ao diferente. A igreja católica, pelo menos parte dela, passa a valorizar os indígenas, seus idiomas e seus modos de vida. Tendo a intenção, não mais de questionar sua forma de vida, mas de fortalecê-los, apoiando e de certa forma financiando a criação de movimentos sociais nativos, que pudessem fazer frente à demanda de direitos ainda não conquistados. No Brasil, a Constituição de 1988 foi marco importante no que se refere ao apoio destas conquistas. A questão religiosa indígena, tem novas chances, aqui com um cristianismo empreendido com outra face: aquele que respeita de forma integral os povos indígenas.